Si les plus anciens vestiges humains remontent à 20 000 ans avant notre ère, les premières traces de l’agriculture et de la domestication du lama datent de 6 000 à 4 000 av. J.C., dans la sierra. Cependant, la sédentarisation et les premières traces d’agglomérations importantes semblent se reporter à la période entre 2 700 et 1 800 av. J.C. Ainsi, cette période vit naître le premier État théocratique, celui de Caral, près de l’actuelle capitale du Pérou, Lima.

Vers 1 800 av. J.C., il est probablement apparu l’art de la céramique, puis la civilisation de Chavin, qui domina tant la côte, la sierra que le piémont amazonien du Pérou de 1 200 à 400 av. J.C.

L’influence de la culture des Chavins fut si grande qu’elle se perpétua au travers des siècles dans les civilisations qui lui succédèrent et cela, jusqu’à la venue des conquistadors. L’un des puissants symboles qui proviennent des Chavins a probablement été celui d’un dieu arborant un bâton dans chaque main. Ainsi, les Incas, près de 2 000 ans plus tard, appelaient ce dieu « Viracocha » et une représentation de ce dieu fut faite sur la Porte du Soleil du temple de Tihuanaco, un peuple ayant précédé celui des Incas.

Le siège de la société chavin fut une cité immense, Huantar de Chavin, dans le nord de la Cordillera Blanca. Elle servait probablement de lieu de culte et de centre politique, et comprenait de nombreuses pyramides, temples et places publiques. L’image la plus souvent rependue est celle d’une grande sculpture mi-animale mi-humaine, découverte dans un labyrinthe souterrain.

La fin de l’ère chavin vit naître un grand nombre de nouveaux États régionaux, principalement côtiers. Les deux principaux étaient le peuple Moche (ou Mochica), dans le nord près de Trujillo, ainsi que le peuple de Paracas, dans le sud près d’Ica.